{"id":112478,"date":"2021-03-04T05:07:06","date_gmt":"2021-03-04T10:07:06","guid":{"rendered":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/trois-nouveaux-cas-du-variant-anglais-ont-ete-confirmes-au-coeur-de-la-riposte-contre-le-sars-cov-2\/"},"modified":"2021-03-04T05:07:06","modified_gmt":"2021-03-04T10:07:06","slug":"trois-nouveaux-cas-du-variant-anglais-ont-ete-confirmes-au-coeur-de-la-riposte-contre-le-sars-cov-2","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/trois-nouveaux-cas-du-variant-anglais-ont-ete-confirmes-au-coeur-de-la-riposte-contre-le-sars-cov-2\/","title":{"rendered":"Trois nouveaux cas du variant anglais ont \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9s : Au c\u0153ur de la riposte contre le Sars-cov-2"},"content":{"rendered":"

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\"\"\/ Photo : B. Souhil – Les trois cas de variant seraient donc parmi les cinq qui \u00e9taient hier en cours de confirmation, dont deux autres cas suspects \u00e9taient \u00e9galement en examen<\/span><\/div>\n

Trois cas contacts de l\u2019un des premiers porteurs du variant britannique d\u00e9tect\u00e9 la semaine derni\u00e8re par l\u2019Institut Pasteur d\u2019Alg\u00e9rie, \u00e0 savoir l\u2019infirmi\u00e8re exer\u00e7ant \u00e0 l\u2019h\u00f4pital psychiatrique de Ch\u00e9raga, ont \u00e9t\u00e9 test\u00e9s positifs \u00e0 ce variant. Ces trois cas font partie de l\u2019entourage proche de l\u2019infirmi\u00e8re, avons-nous appris de source m\u00e9dicale.<\/strong><\/span><\/em><\/p>\n

C<\/strong><\/span>\u2019est une \u00e9quipe jeune, dynamique et engag\u00e9e qui nous a accueillis hier \u00e0 l\u2019Institut Pasteur d\u2019Alg\u00e9rie (IPA), \u00e0 l\u2019annexe de Sidi Fredj, au c\u0153ur de la riposte contre le coronavirus en Alg\u00e9rie. C\u2019est cette m\u00eame \u00e9quipe du d\u00e9partement de virologie qui a diagnostiqu\u00e9 les premiers cas de Covid-19 en f\u00e9vrier 2020. Depuis cette date, elle travaille sans rel\u00e2che, jour et nuit, pour la confirmation du plus grand nombre de cas de l\u2019infection.<\/span><\/p>\n

Ce d\u00e9partement regroupe huit laboratoires et un centre de pr\u00e9l\u00e8vement. Il s\u2019agit des laboratoires VIH et r\u00e9trovirus ; de la grippe et autres virus respiratoires\u00a0; des ent\u00e9rovirus\u00a0; des arbovirus\u00a0; oncogen\u00e8se virale\u00a0; des virus rougeole, oreillon, rub\u00e9oles\u00a0; des herp\u00e8s\/Papillomavirus et autres. Tous ces laboratoires, ressources humaines et mat\u00e9riels ont \u00e9t\u00e9 mobilis\u00e9s pour renforcer les capacit\u00e9s du diagnostic du SARS-CoV-2 dans le cadre de la strat\u00e9gie de lutte contre le nouveau coronavirus lanc\u00e9e par la direction g\u00e9n\u00e9rale du l\u2019IPA.<\/span><\/p>\n

\u00abLe laboratoire de la grippe et virus respiratoires a analys\u00e9 \u00e0 lui seul<\/em> plus de 200\u00a0000 pr\u00e9l\u00e8vements pour le diagnostic de la Covid-19 depuis l\u2019apparition du premier cas en Alg\u00e9rie\u00bb,<\/em> signale le Pr<\/sup> Salima Bouzghoub, chef de d\u00e9partement de virologie, lors d\u2019une journ\u00e9e d\u2019information, organis\u00e9e hier au sein du d\u00e9partement, sur le processus du s\u00e9quen\u00e7age g\u00e9nomique au niveau de son laboratoire, en rappelant que le Centre national de r\u00e9f\u00e9rence de la grippe et autres virus respiratoires \u00e9tait le seul laboratoire du pays ayant la capacit\u00e9 de faire le diagnostic Covid-19.<\/span><\/p>\n

Avec l\u2019\u00e9volution de la pand\u00e9mie, 84 laboratoires, dont 35 du secteur public et 48 priv\u00e9s, r\u00e9partis \u00e0 travers toutes les wilayas, ont \u00e9t\u00e9 valid\u00e9s pour le diagnostic par le CNR. \u00abDes kits PCR et tests antig\u00e9niques de diff\u00e9rentes marques ont \u00e9t\u00e9 \u00e9galement valid\u00e9s par nos \u00e9quipes, ainsi que les kits de pr\u00e9l\u00e8vement.\u00bb<\/em><\/span><\/p>\n

Outre le diagnostic, le Centre a \u00e9galement initi\u00e9 des travaux et des activit\u00e9s scientifiques durant l\u2019\u00e9pid\u00e9mie, dont l\u2019enqu\u00eate s\u00e9ro-\u00e9pid\u00e9miologique sur le Sars-Cov-2 avec l\u2019EHS d\u2019El Kettar et le CHU de Blida, dont les r\u00e9sultats sont en cours de r\u00e9daction, s\u00e9minaires, formation \u00e0 distance, r\u00e9daction de fiche technique, fascicule, notamment sur les modalit\u00e9s de pr\u00e9l\u00e8vement, transport des mati\u00e8res infectieuses et pratiques de s\u00e9curit\u00e9 biologique au laboratoire, sans oublier de rappeler les principales activit\u00e9s de recherche sur les virus respiratoires, notamment le virus de la grippe saisonni\u00e8re.<\/span><\/p>\n

Des cas de variant une ann\u00e9e apr\u00e8s l\u2019apparition de la Covid-19<\/span><\/strong><\/p>\n

Une ann\u00e9e, jour pour jour, depuis la confirmation des premiers cas de Covid-19, deux cas de mutation, notamment du variant britannique, ont \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9s le 19 f\u00e9vrier dernier. Cinq autres cas suspects sont en cours d\u2019analyse, a d\u00e9clar\u00e9 le Pr<\/sup>\u00a0Salima Bouzghoub. Et de pr\u00e9ciser que \u00abL\u2019IPA a une exp\u00e9rience dans le s\u00e9quen\u00e7age des souches virales avec le s\u00e9quen\u00e7age de la polio sauvage, le VIH et autres, et depuis l\u2019acquisition en 2009 du s\u00e9quenceur au sein de ce laboratoire de r\u00e9f\u00e9rence<\/em>, nous travaillons sur le VIH et l\u2019h\u00e9patite B, le virus de la grippe et maintenant sur le Sars-Cov-2<\/em>\u00bb, une r\u00e9ponse \u00e0 ceux qui doutent encore des comp\u00e9tences de ces \u00e9quipes.<\/span><\/p>\n

Le Pr<\/sup> Bouzghoub signale que l\u2019IPA proc\u00e8de au s\u00e9quen\u00e7age du virus de la grippe et transmet annuellement les donn\u00e9es sur la plateforme internationale Nextsrain. Elle signale que le d\u00e9partement sera bient\u00f4t dot\u00e9 des derni\u00e8res technologies en mati\u00e8re de s\u00e9quen\u00e7age Oxford Nanopore Technologie, en collaboration avec National Institut of Health (Etats-Unis), l\u2019Institut Pasteur de Paris et John Hopinks Hospital (Etats-Unis).<\/span><\/p>\n

Revenant sur la surveillance des trois variants au niveau mondial, le Pr<\/sup>\u00a0Bouzghoub et son \u00e9quipe ont expliqu\u00e9 qu\u2019un travail d\u2019investigation et de surveillance est en cours sur toutes les PCR positives douteuses.<\/span><\/p>\n

Visite guid\u00e9e<\/span><\/strong><\/p>\n

Pour mieux comprendre le processus de s\u00e9quen\u00e7age, la cheffe de d\u00e9partement de virologie a organis\u00e9 une visite guid\u00e9e au profit des journalistes pr\u00e9sents. Des explications ont \u00e9t\u00e9 fournies sur les m\u00e9thodes utilis\u00e9es, et de pr\u00e9ciser que \u00able s\u00e9quen\u00e7age est une activit\u00e9 lourde, car il n\u00e9cessite des comp\u00e9tences en biologie mol\u00e9culaire, soit un personnel qualifi\u00e9 et un \u00e9quipement adapt\u00e9. Actuellement, ce processus prend entre trois \u00e0 cinq jours pour avoir les r\u00e9sultats d\u00e9finitifs des mutations, lesquelles sont identifi\u00e9es \u00e0 travers plusieurs \u00e9tapes\u00bb<\/em>, a-t-elle ajout\u00e9. Et de signaler que \u00abdepuis le d\u00e9but de cette activit\u00e9, il y a quelque mois, nous avons inject\u00e9 22 s\u00e9quences sur la plateforme internationale GiSaid\u00bb,<\/em> en pr\u00e9cisant que \u00able s\u00e9quen\u00e7age n\u2019est pas un simple test de routine. Ce n\u2019est pas toutes les PCR positives qui seront soumises au s\u00e9quen\u00e7age<\/em>\u00bb.<\/span><\/p>\n

Le laboratoire P3 hautement s\u00e9curis\u00e9, o\u00f9 les virus sont isol\u00e9s, est l\u2019un des pr\u00e9cieux laboratoire du d\u00e9partement de virologie de Sidi Fredj. \u00abC\u2019est ici que les virus sont isol\u00e9s\u00bb<\/em>, nous explique l\u2019\u00e9quipe lors de notre visite. Un structure elle-m\u00eame isol\u00e9e au sein de ce b\u00e2timent, con\u00e7u en double cloison et double vitrage, dont l\u2019acc\u00e8s est cod\u00e9. A travers un grande vitre, deux grandes hottes en aluminium occupent tout l\u2019espace.<\/span><\/p>\n

Une autre salle ferm\u00e9e, appel\u00e9e \u00absalle noire\u00bb, fait face \u00e0 la mini-salle de s\u00e9quen\u00e7age. Deux personnes au maximum peuvent s\u2019y installer. Un appareil \u00e0 l\u2019allure d\u2019une imprimante rattach\u00e9 \u00e0 un ordinateur est install\u00e9 sur une table.<\/span><\/p>\n

\u00abC\u2019est le s\u00e9quenceur. Il permet de d\u00e9terminer l\u2019ordre d\u2019encha\u00eenement des fragments d\u2019ADN qui subissent au pr\u00e9alable des manipulations\u00bb<\/em>, nous d\u00e9taille-t-on, tout en pr\u00e9cisant que c\u2019est \u00e0 ce niveau que les mutations sont identifi\u00e9es.<\/span><\/p>\n

Un gadget de la taille d\u2019une souris d\u2019un PC est \u00e9galement branch\u00e9 au laptop, qui affiche les r\u00e9sultats des s\u00e9quen\u00e7ages, et le second s\u00e9quenceur avec une haute technologie. Une visite qui nous a permis de plonger dans le monde de la biologie mol\u00e9culaire, loin des tubes \u00e0 essai et des pipettes ou l\u2019\u00e9tude des virus, dont l\u2019interpr\u00e9tation se fait \u00e0 travers des lignes en forme de courbes.<\/span><\/p>\n

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Auteur: Anis Khecheba
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