{"id":12177,"date":"2019-02-07T05:25:00","date_gmt":"2019-02-07T10:25:00","guid":{"rendered":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/bioinformatique-et-analyses-des-genomes-dun-niveau-avance-en-tunisie-une-mention-speciale-dans-plos-computational-biology\/"},"modified":"2019-02-07T05:25:00","modified_gmt":"2019-02-07T10:25:00","slug":"bioinformatique-et-analyses-des-genomes-dun-niveau-avance-en-tunisie-une-mention-speciale-dans-plos-computational-biology","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/bioinformatique-et-analyses-des-genomes-dun-niveau-avance-en-tunisie-une-mention-speciale-dans-plos-computational-biology\/","title":{"rendered":"Bioinformatique et analyses des g\u00e9nomes d\u2019un niveau avanc\u00e9 en Tunisie : une mention sp\u00e9ciale dans Plos Computational Biology"},"content":{"rendered":"

Par Fredj Tekaia et Abdellatif Boudabous –<\/strong><\/em> Il y a deux ans, nous avons publi\u00e9 un papier dans Leaders<\/a><\/strong><\/em> sur un cours de Bioinformatique et d\u2019Analyses des G\u00e9nomes que nous avions organis\u00e9 \u00e0 l\u2019Institut Pasteur de Tunis du 18 Septembre au 15 D\u00e9cembre 2017 [1]<\/sup><\/strong><\/span> (http:\/\/www.leaders.com.tn\/article\/23769-un-cours-intensif-de-bioinformatique-et-d-analyse-des-genomes-l-institut-pasteur-tunis<\/em><\/a>).<\/p>\n

Nous sommes heureux de vous informer qu\u2019un article[2]<\/sup><\/strong><\/span> (https:\/\/journals.plos.org\/ploscompbiol\/article?id=10.1371\/journal.pcbi.1006373<\/a><\/em>) sur l\u2019impl\u00e9mentation et le contenu de ce cours, vient d\u2019\u00eatre publi\u00e9 dans le journal \u00ab Plos Computational Biology \u00bb en premi\u00e8re page du num\u00e9ro du mois de Janvier sous la rubrique \u00ab Education \u00bb[3]<\/strong><\/span><\/sup> (https:\/\/journals.plos.org\/ploscompbiol\/issue<\/em><\/a>).<\/p>\n

Dans cet article nous avons relat\u00e9 notre exp\u00e9rience concernant la conception et l\u2019impl\u00e9mentation de ce cours de trois mois, intensif et d\u2019un niveau avanc\u00e9 selon les standards internationaux \u00e0 l\u2019Institut Pasteur de Tunis[4]<\/strong><\/sup><\/span> (https:\/\/webext.pasteur.fr\/tekaia\/BCGAIPT2017.html<\/em><\/a>). Le cours s\u2019adresse \u00e0 des \u00e9tudiants motiv\u00e9s en Th\u00e8se et \u00e0 de jeunes (<35 ans) chercheurs qui travaillent sur des projets qui impliquent la Bioinformatique et\/ou la G\u00e9nomique. L\u2019article d\u00e9taille toutes les \u00e9tapes de l\u2019organisation et du contenu de ce cours y compris les documents th\u00e9oriques et pratiques relatifs aux th\u00e8mes dispens\u00e9s dans un environnement Unix.<\/p>\n

Le cours commence par une mise \u00e0 jour en Unix, Perl et R ainsi que les m\u00e9thodes et outils d\u2019analyse des s\u00e9quences et se poursuit pendant 7 semaines par les analyses \u00e0 grandes \u00e9chelle des donn\u00e9es g\u00e9nomiques (g\u00e9nomes complets, m\u00e9tag\u00e9nomiques). Les \u00e9tudiants ont pu acqu\u00e9rir les comp\u00e9tences pour traiter des masses de donn\u00e9es g\u00e9nomiques en programmant des scripts en shell sh, Perl et R. Le cours se termine par une semaine de conf\u00e9rences d\u00e9livr\u00e9es par des experts dans diff\u00e9rents domaines de la Bioinformatique et de la G\u00e9nomique.<\/p>\n

Les diff\u00e9rentes \u00e9valuations, par les Enseignants et les \u00e9tudiants, ont montr\u00e9 qu\u2019il est possible d\u2019aller au-del\u00e0 des enseignements basiques et introductifs et de proposer un enseignement permettant d\u2019amener les jeunes \u00e9tudiants \u00e0 un haut niveau de comp\u00e9tence.\u00a0<\/p>\n

Les d\u00e9tails de l\u2019organisation et du contenu que nous avons report\u00e9s dans ce papier peuvent \u00eatre utiles \u00e0 ceux qui souhaitent entreprendre l\u2019impl\u00e9mentation de ce type de cours.<\/p>\n

Ce cours a \u00e9t\u00e9 r\u00e9organis\u00e9 en 2018 du 10 Septembre au 14 D\u00e9cembre 2018[5]\u00a0<\/strong><\/sup>(<\/span><\/span>https:\/\/webext.pasteur.fr\/tekaia\/BCGAIPT2018.html<\/em><\/a>)<\/span><\/span> en incluant, suivant les suggestions des participants au premier cours, des th\u00e8mes relatifs aux m\u00e9thodes et outils d\u2019assemblage des s\u00e9quences g\u00e9nomiques, d\u2019analyse des variants structuraux des g\u00e9nomes ainsi que les syst\u00e8mes biologiques.<\/div>\n
Nous profitons de cette occasion pour inviter les jeunes chercheurs et coll\u00e8gues impliqu\u00e9s dans ces domaines ou ceux qui veulent s\u2019y impliquer, \u00e0 lire ce papier[2]<\/strong><\/sup><\/span> (https:\/\/doi.org\/10.1371\/journal.pcbi.1006373<\/a><\/em>) et \u00e0 consulter les pages web des cours[4-6]<\/strong><\/sup><\/span> (https:\/\/webext.pasteur.fr\/tekaia\/BGA_courses.html<\/em><\/a>) afin d\u2019explorer leurs richesses et int\u00e9r\u00eats. Ils peuvent aussi voir et enregistrer les conf\u00e9rences des diff\u00e9rents cours ant\u00e9rieurs de Bioinformatique et d\u2019Analyse des G\u00e9nomes organis\u00e9s \u00e0 l’Institut Pasteur de Tunis et dans plusieurs autres centres de recherche dans le monde….<\/div>\n

Nous encourageons vivement, en particulier les jeunes Math\u00e9maticiens, Statisticiens et Informaticiens \u00e0 s\u2019int\u00e9resser \u00e0 ces domaines multidisciplinaires qui offrent de multiples possibilit\u00e9s de recherches passionnantes et de coop\u00e9ration sans fronti\u00e8res dans l’analyse des donn\u00e9es. En effet, le domaine de Bioinformatique et Analyse des G\u00e9nomes ouvre de nouvelles perspectives d’emplois pour les jeunes th\u00e9sards d\u00e9fiant les limites des disciplines classiques.\u00a0<\/p>\n

Nous incitons les jeunes post-doctorants \u00e0 explorer le mat\u00e9riel (Th\u00e9orique et Pratiques) des cours pr\u00e9c\u00e9dents et \u00e0 pr\u00e9senter leurs candidatures pour participer aux prochains cours.<\/p>\n

Remerciements<\/strong><\/span><\/p>\n

Nous renouvelons nos remerciements chaleureux \u00e0 ceux qui nous ont aid\u00e9s \u00e0 organiser ce cours, en particulier le Professeur Fethi Sellaouiti (Pr\u00e9sident de l\u2019Universit\u00e9 Tunis El Manar) et le Professeur Hechmi Louzir (Directeur de l\u2019Institut Pasteur de Tunis) ainsi que la DGRS, l\u2019IFT (Institut Fran\u00e7ais de Tunisie), l\u2019IRESA, l\u2019AUF (Agence Universitaire de la Francophonie) et la FEBS (Federation of European Biochemical Societies).<\/p>\n


R\u00e9f\u00e9rences<\/strong><\/span><\/p>\n

1)<\/em><\/strong> Un cours intensif de Bioinformatique et d\u2019analyse des g\u00e9nomes \u00e0 l\u2019Institut Pasteur de Tunis<\/em><\/p>\n

Guerfali FZ, Laouini D, Boudabous A, Tekaia F (2019).<\/em><\/p>\n

Designing and running an advanced Bioinformatics and genome analyses course in Tunisia.<\/em><\/p>\n

3)<\/em><\/strong> PLos Computational Biology (Num\u00e9ro de Janvier 2019) :<\/em><\/p>\n

4)<\/em><\/strong> Bioinformatics and Genome Analyses course, Institut Pasteur de Tunis :<\/em><\/p>\n

a)September 18 \u2013 December 15, 2017 :<\/em><\/p>\n

5)<\/em><\/strong> September 10 \u2013 December 14, 2018 :<\/em><\/p>\n

(6)<\/em><\/strong> Lien vers l\u2019ensemble des cours \u00ab Bioinformatics and Genome Analyses \u00bb :<\/em><\/p>\n


Auteurs\u00a0<\/strong><\/span><\/p>\n

Fredj Tekaia\u00a0<\/strong>
<\/em><\/p>\n

Chercheur invit\u00e9<\/em><\/p>\n

Institut Pasteur Paris
<\/em><\/p>\n

For our courses on \u00ab\u00a0Bioinformatics and Genome Analyses\u00a0\u00bb visit:<\/em><\/p>\n

https:\/\/webext.pasteur.fr\/tekaia\/BGA_courses.html<\/em><\/p>\n

Abdellatif Boudabous<\/strong><\/p>\n

Professeur<\/em><\/p>\n

Universite Tunis El Manar, Facult\u00e9 des Sciences de Tunis,<\/em><\/p>\n

Laboratoire Microorganisme et Biomol\u00e9cules Actives, Campus<\/em><\/p>\n

Universitaire Farhat Heched, El Manar, Tunis, Tunisie<\/em><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

Par Fredj Tekaia et Abdellatif Boudabous – Il y a deux ans, nous avons publi\u00e9 un papier dans Leaders sur un cours de Bioinformatique et d\u2019Analyses des G\u00e9nomes que nous avions organis\u00e9 \u00e0 l\u2019Institut Pasteur de Tunis du 18 Septembre au 15 D\u00e9cembre 2017 [1] (http:\/\/www.leaders.com.tn\/article\/23769-un-cours-intensif-de-bioinformatique-et-d-analyse-des-genomes-l-institut-pasteur-tunis). Nous sommes heureux de vous informer qu\u2019un article[2] (https:\/\/journals.plos.org\/ploscompbiol\/article?id=10.1371\/journal.pcbi.1006373) […]<\/p>\n","protected":false},"author":1772,"featured_media":0,"comment_status":"closed","ping_status":"closed","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"fifu_image_url":"","fifu_image_alt":"","footnotes":""},"categories":[73,55],"tags":[],"class_list":["post-12177","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-actualite","category-tunisie"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12177","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1772"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=12177"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/12177\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=12177"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=12177"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=12177"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}