{"id":190773,"date":"2026-08-15T13:00:32","date_gmt":"2026-08-15T17:00:32","guid":{"rendered":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/dhia-bouktila-quand-lintelligence-artificielle-commence-a-ecrire-le-vivant\/"},"modified":"2026-08-15T13:00:32","modified_gmt":"2026-08-15T17:00:32","slug":"dhia-bouktila-quand-lintelligence-artificielle-commence-a-ecrire-le-vivant","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/dhia-bouktila-quand-lintelligence-artificielle-commence-a-ecrire-le-vivant\/","title":{"rendered":"Dhia Bouktila: Quand l\u2019intelligence artificielle commence \u00e0 \u00e9crire le vivant"},"content":{"rendered":"

Par Dhia Bouktila –<\/strong><\/em><\/span><\/span> Et si l\u2019intelligence artificielle ne se contentait plus de lire le vivant, mais commen\u00e7ait \u00e0 en \u00e9crire de nouvelles pages? La conception r\u00e9cente de bact\u00e9riophages par des mod\u00e8les d\u2019IA marque peut-\u00eatre un tournant: celui o\u00f9 le g\u00e9nome devient progressivement un espace de cr\u00e9ation. De la lecture \u00e0 l\u2019\u00e9criture, de l\u2019\u00e9volution subie \u00e0 l\u2019\u00e9volution orient\u00e9e, une nouvelle fronti\u00e8re se dessine. Que deviendrons-nous lorsque nous ne chercherons plus seulement \u00e0 comprendre le vivant, mais \u00e0 concevoir ce qu\u2019il pourrait devenir?<\/strong><\/p>\n

Des bact\u00e9riophages con\u00e7us par IA: une nouvelle fronti\u00e8re biologique<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

Publi\u00e9e le 6 ao\u00fbt 2026 dans Science<\/strong>, une exp\u00e9rience men\u00e9e par des chercheurs de l\u2019Arc Institute et de Stanford University, autour de Brian Hie et Samuel H. King, donne une premi\u00e8re illustration spectaculaire de cette nouvelle biologie.<\/p>\n

\u00c0 l\u2019aide de mod\u00e8les de langage g\u00e9nomique, les chercheurs ont g\u00e9n\u00e9r\u00e9 des g\u00e9nomes complets de bact\u00e9riophages \u00e0 partir de r\u00e9gularit\u00e9s apprises dans des s\u00e9quences virales. Pr\u00e8s de 300 candidats ont ensuite \u00e9t\u00e9 synth\u00e9tis\u00e9s et test\u00e9s exp\u00e9rimentalement: 16 ont donn\u00e9 naissance \u00e0 des phages viables, capables d\u2019infecter leur bact\u00e9rie h\u00f4te.<\/strong>\u00a0\u00a0<\/p>\n

L\u2019enjeu d\u00e9passe largement la prouesse technique. Il n\u2019est plus question de modifier un g\u00e8ne connu ou d\u2019optimiser une s\u00e9quence existante. Un mod\u00e8le computationnel peut d\u00e9sormais proposer des architectures g\u00e9nomiques in\u00e9dites, que la biotechnologie peut mat\u00e9rialiser et que l\u2019exp\u00e9rimentation vient ensuite confronter \u00e0 la r\u00e9alit\u00e9 du vivant.<\/p>\n

Un nouveau paradigme<\/strong> commence ainsi \u00e0 se dessiner: la machine propose de nouvelles possibilit\u00e9s biologiques; la biotechnologie les mat\u00e9rialise; et le vivant tranche.<\/p>\n

L\u2019intelligence artificielle ne se contente donc plus de lire, comparer ou pr\u00e9dire le vivant. Elle commence \u00e0 g\u00e9n\u00e9rer des possibilit\u00e9s biologiques<\/strong>.<\/p>\n

Autrement dit, apr\u00e8s avoir appris \u00e0 lire le langage du vivant, elle commence, avec l\u2019intelligence humaine et les biotechnologies, \u00e0 composer des phrases biologiques que l\u2019\u00e9volution n\u2019avait probablement jamais produites<\/strong>.<\/p>\n

\"\"\/<\/p>\n

Des bact\u00e9riophages con\u00e7us par IA ont infect\u00e9 et d\u00e9truit, en laboratoire, des souches d\u2019Escherichia coli r\u00e9sistantes aux phages naturels (King et al., 2026 ; DOI: 10.1126\/science.aec2657).<\/em><\/span><\/p>\n

Pourquoi commencer par les bact\u00e9riophages?<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

Parce qu\u2019ils constituent un terrain particuli\u00e8rement r\u00e9v\u00e9lateur pour cette nouvelle biologie g\u00e9n\u00e9rative. Les bact\u00e9riophages sont des virus qui infectent les bact\u00e9ries. Leur relative simplicit\u00e9 biologique, leur extraordinaire diversit\u00e9 et la relation \u00e9troite qu\u2019ils entretiennent avec leurs h\u00f4tes en font des objets privil\u00e9gi\u00e9s pour explorer les r\u00e8gles qui relient architecture g\u00e9nomique et fonction biologique. Ils offrent ainsi un cadre o\u00f9 l\u2019on peut confronter directement une s\u00e9quence imagin\u00e9e par une machine \u00e0 l\u2019\u00e9preuve de la r\u00e9alit\u00e9 biologique.<\/p>\n

Mais leur int\u00e9r\u00eat d\u00e9passe la biologie fondamentale. Les phages sont aussi au c\u0153ur d\u2019un regain d\u2019int\u00e9r\u00eat pour la phagoth\u00e9rapie<\/strong>, notamment face \u00e0 l\u2019\u00e9mergence de bact\u00e9ries r\u00e9sistantes aux antibiotiques.<\/strong> Concevoir de nouveaux phages ouvre ainsi une perspective singuli\u00e8re: ne plus seulement explorer le r\u00e9pertoire biologique fa\u00e7onn\u00e9 par l\u2019\u00e9volution, mais commencer \u00e0 explorer, avec l\u2019IA, des possibilit\u00e9s biologiques que l\u2019\u00e9volution n\u2019a peut-\u00eatre jamais rencontr\u00e9es.<\/p>\n

Au-del\u00e0 des phages: vers une biologie g\u00e9n\u00e9rative<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

Mais l\u2019enjeu d\u00e9passe largement les phages. La m\u00eame logique pourrait progressivement s\u2019\u00e9tendre \u00e0 d\u2019autres niveaux du vivant: prot\u00e9ines, enzymes, complexes mol\u00e9culaires et, \u00e0 terme, g\u00e9nomes entiers<\/strong>. L\u2019intelligence artificielle est d\u00e9j\u00e0 capable d\u2019accompagner la conception de prot\u00e9ines in\u00e9dites, d\u2019explorer des s\u00e9quences capables d\u2019adopter des structures nouvelles ou de contribuer \u00e0 la conception d\u2019enzymes pr\u00e9sentant des fonctions recherch\u00e9es.<\/p>\n

L\u2019\u00e9tape suivante pourrait \u00eatre celle de syst\u00e8mes biologiques plus complexes. La biologie synth\u00e9tique travaille d\u00e9j\u00e0 \u00e0 la conception et \u00e0 l\u2019assemblage de g\u00e9nomes microbiens synth\u00e9tiques, tandis que la recherche sur les cellules synth\u00e9tiques cherche \u00e0 construire, \u00e0 partir de composants mol\u00e9culaires, des syst\u00e8mes vivants capables d\u2019assurer progressivement certaines fonctions.<\/p>\n

Au XX\u1d49 si\u00e8cle, nous avons appris \u00e0 lire le vivant<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

L\u2019histoire moderne des sciences de la vie peut \u00eatre racont\u00e9e comme une immense entreprise de lecture du vivant<\/strong>.<\/p>\n

Nous avons d\u2019abord appris \u00e0 observer les cellules. Puis \u00e0 identifier les chromosomes, \u00e0 comprendre l\u2019ADN, \u00e0 s\u00e9quencer les g\u00e9nomes et \u00e0 comparer les s\u00e9quences entre esp\u00e8ces.<\/p>\n

La g\u00e9nomique a ensuite chang\u00e9 d\u2019\u00e9chelle. Nous avons appris \u00e0 lire des millions, puis des milliards de nucl\u00e9otides. La bioinformatique nous a permis de les aligner, de les annoter, de rechercher des motifs, d\u2019identifier des g\u00e8nes, de reconstruire des histoires \u00e9volutives et de formuler des hypoth\u00e8ses sur leurs fonctions.<\/p>\n

La transcriptomique nous a ensuite permis d\u2019observer quels g\u00e8nes sont exprim\u00e9s dans un tissu, \u00e0 un moment donn\u00e9 et dans une condition donn\u00e9e. La prot\u00e9omique et les autres approches \u00abomiques\u00bb ont progressivement ajout\u00e9 d\u2019autres niveaux de complexit\u00e9.
Pendant longtemps, notre d\u00e9marche \u00e9tait essentiellement la m\u00eame: lire, comparer, interpr\u00e9ter<\/strong>.<\/p>\n

Nous avons construit des biblioth\u00e8ques gigantesques du vivant. Mais une biblioth\u00e8que, aussi vaste soit-elle, ne contient pas n\u00e9cessairement toutes les histoires qui pourraient exister. C\u2019est pr\u00e9cis\u00e9ment ici que l\u2019intelligence artificielle introduit une rupture.<\/p>\n

XXI\u1d49 si\u00e8cle: de la lecture \u00e0 l\u2019\u00e9criture cr\u00e9ative<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

La question scientifique est en train de changer de nature. Au lieu de demander uniquement: \u00abO\u00f9 trouve-t-on dans la nature une mol\u00e9cule poss\u00e9dant telle fonction?\u00bb<\/strong>, on pourrait progressivement demander: \u00abParmi les s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9r\u00e9es par l\u2019IA et compatibles avec cette fonction, lesquelles se r\u00e9v\u00e9leront fonctionnelles une fois confront\u00e9es au vivant?\u00bb<\/strong><\/p>\n

La premi\u00e8re d\u00e9marche consiste principalement \u00e0 chercher dans le catalogue du vivant. La seconde consiste \u00e0 explorer au-del\u00e0 de ce catalogue, \u00e0 g\u00e9n\u00e9rer des possibilit\u00e9s, puis \u00e0 franchir la fronti\u00e8re qui s\u00e9pare le num\u00e9rique du biologique.<\/p>\n

C\u2019est une diff\u00e9rence fondamentale.<\/p>\n

Chercher<\/strong> revient \u00e0 d\u00e9couvrir ce que l\u2019\u00e9volution a d\u00e9j\u00e0 produit.<\/p>\n

\u00c9diter<\/strong> revient \u00e0 transformer ce qui existe.<\/p>\n

G\u00e9n\u00e9rer<\/strong> revient \u00e0 proposer ce qui pourrait exister.<\/p>\n

Apr\u00e8s avoir appris \u00e0 lire le livre du vivant, saurons-nous \u00e9crire de nouvelles pages, et surtout, saurons-nous en assumer la responsabilit\u00e9?<\/strong><\/p>\n

Quand l\u2019intelligence artificielle rencontre l\u2019\u00e9volution<\/strong><\/span><\/span>
Cette transformation soul\u00e8ve une question encore plus profonde.<\/p>\n

Depuis des milliards d\u2019ann\u00e9es, l\u2019\u00e9volution biologique explore l\u2019espace des possibilit\u00e9s du vivant. Mutations, recombinaisons, s\u00e9lection naturelle, d\u00e9rive g\u00e9n\u00e9tique et contraintes environnementales fa\u00e7onnent, sans intention ni projet pr\u00e9alable<\/strong>, une immense diversit\u00e9 de configurations biologiques.<\/p>\n

L\u2019intelligence artificielle introduit une autre mani\u00e8re d\u2019explorer cet espace. Elle apprend \u00e0 partir de la diversit\u00e9 biologique d\u00e9j\u00e0 observ\u00e9e, puis peut g\u00e9n\u00e9rer de nouvelles configurations susceptibles d\u2019\u00eatre compatibles avec certaines contraintes biologiques et d\u2019exprimer une fonction.<\/p>\n

C\u2019est peut-\u00eatre l\u2019un des changements les plus profonds de la biologie du XXI\u1d49 si\u00e8cle: non pas la fin de l\u2019\u00e9volution naturelle, mais l\u2019apparition d\u2019un nouvel agent capable de contribuer \u00e0 en orienter certaines trajectoires.<\/strong><\/p>\n

La question \u00e9thique: que devons-nous choisir de concevoir?<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

Toute nouvelle capacit\u00e9 scientifique finit par poser une question qui d\u00e9passe la science elle-m\u00eame.
Lorsque nous devenons capables de g\u00e9n\u00e9rer des s\u00e9quences biologiques in\u00e9dites, la question n\u2019est plus seulement: \u00abPouvons-nous le faire?\u00bb<\/strong> Elle devient: \u00abQue devons-nous chercher \u00e0 faire?\u00bb<\/strong> Et surtout: \u00abDans quelles conditions devons-nous le faire?\u00bb<\/strong>
Les progr\u00e8s de l\u2019IA appliqu\u00e9e \u00e0 la biologie rendent donc indispensables des r\u00e9flexions parall\u00e8les sur la bios\u00e9curit\u00e9, la gouvernance des donn\u00e9es biologiques, la responsabilit\u00e9 scientifique et les limites de certaines applications. Il serait aussi erron\u00e9 de r\u00e9pondre \u00e0 ces questions par la peur que par l’enthousiasme aveugle. Ce sont les objectifs que nous assignons \u00e0 une technologie nouvelle et les r\u00e8gles que nous construisons autour d\u2019elle qui d\u00e9termineront son impact.
La question n\u2019est donc pas de savoir s\u2019il faut arr\u00eater cette r\u00e9volution. Elle est de savoir si nous saurons la gouverner<\/strong> \u00e0 la hauteur du pouvoir de conception qu\u2019elle nous donne.<\/p>\n

Une nouvelle d\u00e9finition de la comp\u00e9tence biologique pour le XXI\u1d49 si\u00e8cle<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

Si l\u2019intelligence artificielle devient un nouvel instrument d\u2019exploration du possible biologique, alors la comp\u00e9tence biologique elle-m\u00eame doit \u00eatre repens\u00e9e<\/strong>.<\/p>\n

Enseigner la biologie au XXI\u1d49 si\u00e8cle ne peut plus consister uniquement \u00e0 transmettre des connaissances ou \u00e0 apprendre des techniques portant sur le vivant. Il faut d\u00e9sormais apprendre \u00e0 raisonner<\/strong> sur le vivant, \u00e0 interroger<\/strong> les mod\u00e8les, \u00e0 comprendre les limites<\/strong> et \u00e0 explorer ce que le vivant pourrait devenir.<\/p>\n

C\u2019est pourquoi la biologie de demain devra aussi enseigner la philosophie de la biologie:<\/strong> qu\u2019est-ce qu\u2019un organisme? Qu\u2019est-ce qu\u2019une fonction? Qu\u2019est-ce qu\u2019une vie con\u00e7ue? Jusqu\u2019o\u00f9 peut-on transformer le vivant sans perdre de vue que nous cherchons \u00e0 le pr\u00e9server?<\/p>\n

Les formations universitaires du XXI\u1d49 si\u00e8cle ne peuvent plus \u00eatre celles du XX\u1d49 si\u00e8cle auxquelles on aura ajout\u00e9 un peu d\u2019intelligence artificielle. Elles devront \u00eatre con\u00e7ues autour de nouvelles hybridations de comp\u00e9tences : biologie, g\u00e9nomique, informatique, IA, exp\u00e9rimentation et philosophie des sciences.<\/strong><\/p>\n

Former ces nouvelles comp\u00e9tences, c\u2019est d\u00e9j\u00e0 commencer \u00e0 pr\u00e9parer le monde biologique de demain.<\/p>\n

Et la Tunisie dans tout cela?<\/strong><\/span><\/span><\/p>\n

La r\u00e9volution qui s\u2019annonce \u00e0 l\u2019interface entre intelligence artificielle et biologie<\/strong> pose d\u2019abord une question \u00e0 nos politiques d\u2019enseignement sup\u00e9rieur et de recherche: sommes-nous en train de pr\u00e9parer les g\u00e9n\u00e9rations aux m\u00e9tiers du pass\u00e9 ou aux transformations qui redessineront ceux de demain?<\/p>\n

Nous devons former une nouvelle g\u00e9n\u00e9ration capable de naviguer entre biologie, g\u00e9nomique, informatique, intelligence artificielle et philosophie des sciences. Des chercheurs capables non seulement d\u2019utiliser les outils con\u00e7us ailleurs, mais aussi d\u2019en imaginer de nouveaux, de comprendre leurs limites et de participer aux choix qui d\u00e9termineront leurs usages.<\/p>\n

C\u2019est \u00e0 cette condition que la Tunisie pourra transformer ses propres atouts (agriculture, sant\u00e9, biodiversit\u00e9, ressources biologiques et adaptation aux changements environnementaux) en v\u00e9ritables axes de souverainet\u00e9 scientifique et technologique.
Cela exige enfin de repenser notre rapport \u00e0 la gouvernance scientifique. L\u2019universit\u00e9 ne peut pas devenir une machine \u00e0 convertir progressivement ses meilleurs scientifiques en gestionnaires administratifs.<\/strong><\/p>\n

Le leadership politique des secteurs du d\u00e9veloppement doit d\u00e9sormais reposer sur la vision, la cr\u00e9ativit\u00e9, la strat\u00e9gie et la capacit\u00e9 \u00e0 anticiper et \u00e0 construire l\u2019avenir. Dans un monde o\u00f9 les fronti\u00e8res scientifiques se d\u00e9placent \u00e0 une vitesse in\u00e9dite, nous avons besoin de responsables capables de porter une v\u00e9ritable vision strat\u00e9gique, de comprendre les ruptures et de proposer de nouvelles trajectoires, et non de se limiter \u00e0 administrer ce qui existe d\u00e9j\u00e0.<\/p>\n

La v\u00e9ritable question pour la Tunisie n\u2019est donc pas de savoir si elle pourra suivre cette r\u00e9volution, mais si elle saura former celles et ceux qui ne se contenteront pas de l\u2019accompagner, mais contribueront \u00e0 en \u00e9crire l\u2019avenir.<\/strong><\/p>\n

Dhia Bouktila<\/strong>
Professeur de G\u00e9n\u00e9tique \u00e0 l\u2019Universit\u00e9 de Monastir
Sp\u00e9cialiste en g\u00e9nomique appliqu\u00e9e aux syst\u00e8mes agricoles et environnementaux et en philosophie des sciences<\/em><\/span><\/p>\n

Auteur:
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