{"id":79091,"date":"2020-03-14T09:06:09","date_gmt":"2020-03-14T13:06:09","guid":{"rendered":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/covid-19-les-previsions-dun-expert-en-modelisation\/"},"modified":"2020-03-14T09:06:09","modified_gmt":"2020-03-14T13:06:09","slug":"covid-19-les-previsions-dun-expert-en-modelisation","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/linitiative.ca\/International\/covid-19-les-previsions-dun-expert-en-modelisation\/","title":{"rendered":"COVID-19: les pr\u00e9visions d\u2019un expert en mod\u00e9lisation"},"content":{"rendered":"<p>Sans boule de cristal, impossible de r\u00e9pondre de fa\u00e7on s\u00fbre \u00e0 ces questions. Mais nous avons demand\u00e9 \u00e0 Samuel Alizon de nous donner quelques pistes pour mieux comprendre l\u2019\u00e9mergence et la trajectoire de cette \u00e9pid\u00e9mie.<\/p>\n<p>Ce chercheur au\u00a0<a href=\"https:\/\/www.mivegec.ird.fr\/fr\/\" target=\"_blank\" rel=\"noopener noreferrer\">Centre national de la recherche scientifique<\/a>\u00a0\u00e0 Montpellier, en France, est sp\u00e9cialiste de l\u2019\u00e9cologie \u00e9volutive, et travaille plus pr\u00e9cis\u00e9ment sur la mod\u00e9lisation des maladies infectieuses. Il s\u2019int\u00e9resse tout particuli\u00e8rement \u00e0 la virulence des diff\u00e9rents agents pathog\u00e8nes, sous un angle \u00e9volutionniste. Il est l\u2019auteur du livre\u00a0<em>C\u2019est grave, Dr Darwin ?<\/em>, paru en 2016 aux \u00e9ditions du Seuil.<\/p>\n<p><strong>Plusieurs hypoth\u00e8ses circulent quant \u00e0 l\u2019\u00e9volution possible de cette \u00e9pid\u00e9mie. Qu\u2019en est-il?<\/strong><\/p>\n<p>Maintenant que nous sommes au stade de pand\u00e9mie, et non plus de flamb\u00e9es \u00e9pid\u00e9miques locales comme c\u2019\u00e9tait le cas au d\u00e9but, on passe de ph\u00e9nom\u00e8nes al\u00e9atoires \u00e0 une dynamique assez pr\u00e9visible.<\/p>\n<p>Ce qui est crucial, c\u2019est le fameux R<sub>0<\/sub>, le taux de reproduction de base du virus. Il correspond au nombre d\u2019individus qu\u2019une personne porteuse va infecter pendant la dur\u00e9e de son infection. Pour ce virus, on l\u2019estime aux alentours de 3; chaque personne atteinte infecte en moyenne trois autres personnes. L\u2019ampleur d\u2019une \u00e9pid\u00e9mie est fortement li\u00e9e au R<sub>0<\/sub>.<\/p>\n<p><strong>Et que laisse pr\u00e9sager un R<sub>0\u00a0<\/sub>tournant autour de 3?<\/strong><\/p>\n<p>Selon les mod\u00e8les les plus simplistes de propagation de maladies infectieuses, le nombre de personnes qui n\u2019auront pas \u00e9t\u00e9 infect\u00e9es \u00e0 la fin d\u2019une \u00e9pid\u00e9mie est \u00e9gal \u00e0 1\/R<sub>0<\/sub>. En l\u2019occurrence, pour ce virus, 30% des gens ne seraient pas touch\u00e9s \u2013 ce qui signifie que 70% des personnes peuvent \u00eatre infect\u00e9es.<\/p>\n<p>\u00c9videmment, il s\u2019agit de mod\u00e8les simplistes, pour une population homog\u00e8ne o\u00f9 tout le monde aurait le m\u00eame nombre de contacts. C\u2019est un peu le sc\u00e9nario catastrophe. En r\u00e9alit\u00e9, les autorit\u00e9s publiques ne restent pas les bras crois\u00e9s. C\u2019est justement pour cela qu\u2019il est difficile de faire des pr\u00e9dictions, car toute politique de sant\u00e9, comme la fermeture des \u00e9coles par exemple, a un effet sur ce R<sub>0.<\/sub><\/p>\n<p>Pour que l\u2019\u00e9pid\u00e9mie s\u2019arr\u00eate en quelques semaines, il faudrait que le R<sub>0\u00a0<\/sub>tombe en dessous de 1. Mais si on divise par deux le nombre de contacts, ce qui est d\u00e9j\u00e0 beaucoup, on peut tout de m\u00eame ralentir la propagation.<\/p>\n<p>Apr\u00e8s, il y a \u00e9videmment des enjeux \u00e9conomiques. Pour certaines personnes, c\u2019est tout \u00e0 fait possible de rester \u00e0 la maison, tandis que pour d\u2019autres, cela signifie ne pas avoir \u00e0 manger \u00e0 la fin du mois. Les \u00c9tats et les employeurs ont l\u00e0 une responsabilit\u00e9.<\/p>\n<p><strong>Beaucoup clament sur les r\u00e9seaux sociaux que ce virus est moins probl\u00e9matique que les virus grippaux saisonniers. Quelles sont les diff\u00e9rences?<\/strong><\/p>\n<p>C\u2019est un virus respiratoire qui ressemble, dans sa transmission, \u00e0 ceux de la grippe. Sauf que le R<sub>0\u00a0<\/sub>du coronavirus est deux fois plus \u00e9lev\u00e9 que celui de la grippe saisonni\u00e8re, qui est de 1,5 annuellement. De plus, chaque ann\u00e9e, une bonne partie de la population est d\u00e9j\u00e0 immunis\u00e9e contre la grippe [<em>car elle l\u2019a d\u00e9j\u00e0 contract\u00e9e dans le pass\u00e9 ou qu\u2019elle est vaccin\u00e9e, NDLR<\/em>]. C\u2019est probablement ce qui a fait que l\u2019\u00e9pid\u00e9mie de H1N1 n\u2019a pas \u00e9t\u00e9 si intense. Cette fois, c\u2019est toute la population qui est susceptible.<\/p>\n<p>L\u2019autre probl\u00e8me, c\u2019est qu\u2019il semble y avoir beaucoup plus de transmissions asymptomatiques qu\u2019avec la grippe. C\u2019est un facteur cl\u00e9 en sant\u00e9 publique : si les sympt\u00f4mes apparaissent avant que l\u2019on devienne contagieux, c\u2019est assez facile \u00e0 contr\u00f4ler. Avec le coronavirus, il semble y avoir un d\u00e9calage de quasiment deux jours entre le pic de transmission et le pic des sympt\u00f4mes, ce qui est pire qu\u2019avec la grippe ou le SRAS. Cette p\u00e9riode de transmission asymptomatique n\u00e9cessite d\u2019ajuster les mod\u00e8les traditionnels. Notre \u00e9quipe travaille d\u2019ailleurs l\u00e0-dessus, pour offrir de meilleures pr\u00e9dictions.<\/p>\n<p><strong>Le virus va-t-il \u00e9voluer?<\/strong><\/p>\n<p>Il \u00e9volue en permanence, car chaque nouveau virion est diff\u00e9rent des pr\u00e9c\u00e9dents. Sauf que la majorit\u00e9 de ces mutations sont a priori neutres, ou d\u00e9l\u00e9t\u00e8res pour le virus.<\/p>\n<p>Est-ce qu\u2019il peut y avoir des mutations \u00abadaptatives\u00bb (qui lui permettraient de mieux s\u2019adapter au corps humain et d\u2019\u00eatre encore plus efficace) ? C\u2019est tr\u00e8s probable. Ce fut le cas pour l\u2019\u00e9pid\u00e9mie d\u2019Ebola: une mutation a permis au virus de mieux exploiter les cellules humaines que les cellules animales. Cela a \u00e9t\u00e9 d\u00e9montr\u00e9 apr\u00e8s coup.<\/p>\n<p>Certaines mutations sont d\u00e9j\u00e0 apparues dans le coronavirus, mais c\u2019est difficile de montrer leur effet.<\/p>\n<p><strong>\u00c0 la base, ce virus est-il bien adapt\u00e9 \u00e0 l\u2019humain?<\/strong><\/p>\n<p>Un nouveau virus qui \u00e9merge d\u2019un r\u00e9servoir animal, comme celui-l\u00e0, est a priori mal adapt\u00e9 \u00e0 l\u2019humain. Le fait d\u2019\u00eatre mal adapt\u00e9 peut se traduire de diff\u00e9rentes mani\u00e8res : il pourrait par exemple ne pas du tout r\u00e9ussir \u00e0 se reproduire dans les cellules, ou alors tr\u00e8s mal exploiter son h\u00f4te. C\u2019est ce qui s\u2019est pass\u00e9 avec le SRAS : ce virus engendrait un emballement du syst\u00e8me immunitaire parfois mortel et une virulence (voir encadr\u00e9 plus bas) anormalement \u00e9lev\u00e9e.<\/p>\n<p>Cette fois, le virus est moins virulent que le SRAS, mais son R<sub>0\u00a0<\/sub>est plus \u00e9lev\u00e9. Il est peut-\u00eatre \u00e0 son optimum, mais s\u2019il parvient \u00e0 exploiter les cellules humaines encore mieux, il pourrait encore augmenter son R<sub>0<\/sub>.<\/p>\n<p><strong>Quelles sont vos principales inqui\u00e9tudes?<\/strong><\/p>\n<p>Une \u00e9pid\u00e9mie qui peut toucher presque toute une population au m\u00eame moment, c\u2019est assez unique. Je pense que le risque est plut\u00f4t social: un afflux dans les h\u00f4pitaux.<\/p>\n<p>Le risque pour les jeunes n\u2019est pas tant de mourir du coronavirus, mais plut\u00f4t de n\u2019importe quelle affection, accident ou choc anaphylactique qui n\u00e9cessite une prise en charge en urgence. Si les infrastructures de sant\u00e9 sont satur\u00e9es, cette prise en charge sera moins efficace.<\/p>\n<p>Pour nous qui travaillons en \u00e9volution des populations, c\u2019est bien connu : si on veut comprendre une infection, il faut comprendre les facteurs sociologiques et la dynamique de la population. Aujourd\u2019hui, on demande aux gens, dans une soci\u00e9t\u00e9 o\u00f9 l\u2019individu, voire l\u2019individualisme, est valoris\u00e9, de basculer d\u2019un coup vers une r\u00e9flexion collective ou altruiste. Est-ce que cela va fonctionner?<\/p>\n<p><strong>Qu\u2019est-ce que la virulence?<\/strong><\/p>\n<p>Auteur: BS. Sidwaya<br \/>\n<a href=\"https:\/\/www.sidwaya.info\/blog\/2020\/03\/14\/covid-19-les-previsions-dun-expert-en-modelisation\/\">Cliquez ici pour lire l&rsquo;article depuis sa source.<\/a><\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"<p>Sans boule de cristal, impossible de r\u00e9pondre de fa\u00e7on s\u00fbre \u00e0 ces questions. Mais nous avons demand\u00e9 \u00e0 Samuel Alizon de nous donner quelques pistes pour mieux comprendre l\u2019\u00e9mergence et la trajectoire de cette \u00e9pid\u00e9mie. 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